Ústav má dve organizačné zložky – Oddelenie biológie a Oddelenie biotechnológií, ktoré zabezpečujú vzdelávanie v študijných odboroch 3. Biológia a 4. Biotechnológie, v ich všetkých troch stupňoch vysokoškolského štúdia.
Obsahom vzdelávacích a výskumných aktivít v rámci študijného odboru Biológia sú klasické aj moderné biologické disciplíny, vrátane molekulárnej biológie, genomiky, proteomiky, bioinformatiky a ďalších. Orientované sú na štúdium všeobecných biologických otázok, biológiu, fyziológiu a genetiku človeka, živočíchov, rastlín, mikroorganizmov, s aplikáciami pre životné prostredie, poľnohospodárstvo a potravinárstvo.
V rámci študijného odboru Biotechnológie sú obsahom vzdelávacích a výskumných aktivít biotechnológie tradičné (fermentačné) i moderné, vrátane molekulárnych. Orientované sú hlavne na využitie mikroorganizmov a rastlín na produkciu významných látok s ich aplikáciami do poľnohospodárstva, viacerých odvetví priemyslu, energetiky, životného prostredia, farmácie a medicíny.
ÚBB má pre zabezpečenie štúdia a všetkých svojich výskumných aktivít všetku potrebnú technickú infraštruktúru. Pre niektoré oblasti (napr. genomiku, in vitro kultúry rastlín) má však technickú infraštruktúru na nie bežnej, nadštandardnej úrovni.
