Systém tvorby, schvaľovania, monitorovania a pravidelného hodnotenia študijných programov má univerzita spracovaný v internej smernici  Vnútorný systém kvality na UCM v Trnave.  Výsledky hodnotenia kvality vzdelávania sa konkretizujú v správach, ktoré sú podkladom pre odporúčania a návrhy na zavedenie opatrení na zlepšenie kvality vzdelávania na univerzite.